Op 6 November en 26 November 1944 werd het station van Gouda gebombardeerd door de geallieerden. Ziekenhuis het St-Jozefpaviljoen en huizen aan de Boelekade en de Graaf van Bloisstraat werden ook geraakt. In totaal kwamen minstens 25 mensen om waaronder 12 zusters van het ziekenhuis. De aanval mislukte, het spoorknooppunt werd niet noemenswaardig beschadigd. De spoortunnel lag vol met puin en water, het stationsgebouw was volledig verwoest. In een aantal stalen balken in de overkapping van het perron zijn de inslagen zichtbaar. Nog steeds moet Gouda bij werkzaamheden rondom het spoorknooppunt en het station rekening houden met niet ontplofte bommen in de grond, zogenaamde blindgangers.
Een andere kijk op het station: een bommenregen op het station